La chiesa fu fondata nella seconda metà del Quattrocento da Beltramo fu Giuseppe Muto Borsotti, che nel 1485 donò al parroco di Santa Brigida due appezzamenti di terreno ubicati a Cugno affinché celebrasse nella chiesetta due messe all’anno, una nella festa di San Giovanni Battista e l’altra in quella di San Rocco. La descrizione dell’edificio, effettuata nel 1569 dal delegato dell’arcivescovo Carlo Borromeo, ci segnala che era assai piccolo e aveva le pareti interamente coperte di affreschi. In quell’occasione fu stabilito che la celebrazione della messa in onore del Battista avvenisse il giorno della commemorazione del suo martirio, il 29 agosto, sottolineando in tal modo la precisa intitolazione dell’oratorio.
Dell’edificio originario rimane l’area del presbiterio, con il bell’affresco cinquecentesco che ne decora la parete di fondo. Il dipinto raffigura la Crocifissione con i Santi Giovanni Battista, Brigida, Antonio abate e Rocco. Tracce di altri affreschi coevi si vedono sulla parete laterale destra.
Lungo la navata, realizzata nella prima metà del Seicento, si trovano vari dipinti, il più importante dei quali è il Martirio di San Giovanni Battista, opera di Carlo Ceresa. Pregevole è anche il dipinto della Madonna di Loreto con la figura del donatore e lo stemma della famiglia Rivellini. Databili al secolo successivo sono la bella immagine della Madonna col Bambino corredata dallo stemma Rivellini e il Sant’Antonio di Padova.
Restauri conservativi eseguiti in epoca recente hanno dato alla chiesa la fisionomia attuale.