I primi documenti che attestano l'esistenza del borgo risalgono all'anno 917, quando si fa menzione di un abitante della zona di Averara.
È in assoluto il testo più antico per ciò che concerne tutta l'alta valle Brembana, tanto da far credere che con il toponimo si intendesse tutta la zona che veniva comunemente indicata con il nome di valle Averara, comprendente anche i vicini Santa Brigida,Cusio, Olmo al Brembo, Ornica e Cassiglio.
È usanza comune credere che tuttavia i primi insediamenti stabili in questa zona siano riconducibili all'epoca delle invasioni barbariche, quando le popolazioni soggette alle scorrerie si rifugiarono in luoghi remoti, al riparo dall'impeto delle orde conquistatrici. In particolar modo si presume che siano stati gli abitanti della vicina Valsassina ad arrivare per primi (presumibilmente attorno al VI secolo), come testimoniano alcuni toponimi uguali tra le due zone.
In epoca medievale il borgo rivestì un ruolo di discreta importanza, essendo l'ultimo paese posto sulla via che conduceva inValtellina, nel Grigioni. Essendo terra di confine, era dotato di una dogana e di due torri a scopo preventivo. La costruzione della Via Priula accrebbe l'importanza del paese, che divenne un importante snodo commerciale nell'alta valle.
Il termine della dominazione veneta ed il conseguente avvento della Repubblica Cisalpina portò grandi cambiamenti ad Averara, che si trovò inglobata nel cantone dell'alta Valle Brembana, con capoluogo a Piazza Brembana, e si vide revocati numerosi privilegi che la Serenissima aveva garantito per secoli all'intera zona.
A causa di questo si verificò un vero tracollo nei trasporti, che provocò il costante abbandono della Via Priula, che cadde in uno stato di abbandono, con conseguente ripercussioni negative sull'economia del borgo.
Gli anni seguenti videro succedere alla dominazione francese quella austriaca, fino al 1859, quando nacque il Regno d'Italia. In questi anni non si verificarono episodi di rilievo, con la gente dedita a vivere dignitosamente con ciò che la natura offriva.
Soltanto negli ultimi decenni ha cominciato a prendere sempre più piede l'industria del turismo, che sta risollevando il borgo dopo un periodo di lento ed inesorabile spopolamento.
Il territorio, composto da numerosi piccoli nuclei abitativi, è immerso nella natura ed offre un ottimo colpo d'occhio. È quindi possibile svolgere un'innumerevole quantità di escursioni, adatte ad ogni tipo di esigenza.
Nel centro abitato spicca la via porticata, un tempo utilizzata per i commerci, in ottimo stato di conservazione, con stemmi e dipinti risalenti al XV ed al XVI secolo.
Merita inoltre menzione la chiesa parrocchiale, dedicata a San Giacomo, che custodisce opere scultoree di buona fattura. È inoltre presente un organo di produzione della famiglia Serassi.
Molto caratteristiche sono inoltre le piccole chiese di San Pantaleone, risalente al XV secolo, con un campanile a bifore, e quella della Madonna della Neve, in località Valmoresca.