L’antica parrocchiale di Cusio, fino al 1785 diocesi di Milano, dedicata a S, Margherita d‘Antiochia, si rese autonoma dalla chiesa madre di S. Brigida fin dal 1476, aggregandosi pure la Cura della chiesa di Ornica. La prima chiesa è di antica data, in stile romanico locale, ad aula semplice con presbiterio soprelevato di alcuni gradini e tutta affrescata, come ci dicono i resti di alcuni affreschi presenti in chiesa e soprattutto abbellita nel 1517 dall’ancona lignea, con i sei scomparti del polittico dipinto dal grande pittore Andrea Previtali (1470/80-1528) e pagata dalla gente con ben 3.000 sacchi di carbone! Nell’antica chiesa per due volte, nel 1566 e nel 1582, venne in visita pastorale S. Carlo Borromeo. Nel 1748 la chiesa viene completamente ricostruita su progetto del mastro luganese Antonio Beragio e riconsacrata nel 1754 dal cardinale di Milano Pozzobonelli, il cui stemma è affrescato sulla facciata accanto a quello di S. Carlo.
La chiesa venne ulteriormente ampliata nel 1908 su progetto dell’arch. Elia Fornoni. Molto raccolto ed equilibrato lo spazio interno, dominato dalla grande croce sul presbiterio, che richiama la croce gemmata nelle prime chiese cristiane, opera dell’artista Elio Bianco, come pure l’altare conciliare. Il coro è opera di intaglio e di intarsio di Angelo Regazzoni del 1782, mentre il grande artista locale Antonio Rovelli ( 1640-1710) ci ha lasciato la cattedra, un magnifico inginocchiatoio, il confessionale delle donne in fondo alla chiesa e gli armadi in sacrestia, opere precise ed notevoli per intaglio ed intarsio. Tra i dipinti, oltre il citato polittico del Previtali, molto belle le tele del veneto Pietro Damini (1592-1631) il Cristo placato dalla Vergine, sul presbiterio e la tela con le figure di S. Antonio e S. Giuseppe, così come il quadro della Vergine in dolce attesa opera di Gian Battista Guerinoni. Tra i parati viene conservato un piviale con continenza, in seta e ricami a filo d’oro, opera cinese del ‘500.
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