Il Ponte dei Frati deve il suo nome ai frati Cappuccini che lo fecero costruire tra il 1690-1699, dopo la costruzione del convento dei Cappuccini, fabbricato nel 1640, sulla sponda sinistra del fiume Brembo, nella località di San Gallo, per favorire il passaggio tra San Gallo e San Giovanni Bianco. I frati svolsero la loro opera benefica per oltre 150 anni, fino al 1798 quando il monastero fu soppresso dalla Repubblica Cisalpina.
Con il nuovo governo il Convento fu messo in vendita e acquistato dal conte Pietro Giupponi nel 1799 che ottenne anche la proprietà del Ponte dei Frati, seguito dalla signora Mary Guerinoni Piccinelli e dal comune di San Giovanni Bianco nel 1891.
Il ponte sopravvisse alle rovinose piene del Brembo, in particolare a quelle dell’agosto del 1842 e del luglio del 1873.